Os programas de pós-graduação stricto sensu (mestrado e doutorado) da UFABC têm como meta o desenvolvimento de pesquisa científica e tecnológica de fronteira. Os cursos se propõem a formar pesquisadores com amplo domínio dos campos do saber e profissionais altamente qualificados para suprir a demanda do ensino superior e do desenvolvimento tecnológico nacional e regional.

Os cursos de mestrado e doutorado contam com bolsas institucionais e de agências de fomento à pesquisa. Os programas foram aprovados e recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).