A Pró-Reitoria de Pós-Graduação da UFABC (PROPG) é responsável pelo oferecimento de cursos de pós-graduação stricto sensu (mestrado e doutorado). Os programas de pós-graduação stricto sensu da UFABC têm como meta o desenvolvimento de pesquisa científica e tecnológica de fronteira. Os cursos se propõem a formar pesquisadores com amplo domínio dos campos do saber e profissionais altamente qualificados para suprir a demanda do ensino superior e do desenvolvimento tecnológico nacional e regional.
O mestrado de caráter acadêmico oferece condições para o desenvolvimento de estudos que demonstram o domínio dos instrumentos conceituais e metodológicos essenciais à área em pesquisa, o que qualifica o aluno como pesquisador e docente de nível superior, por meio de trabalhos de investigação e de ensino.
O mestrado profissional cria condições para o desenvolvimento de práticas empresariais transformadoras ao empregar nos estudos o método científico e aplicar os conhecimentos de novas técnicas e processos.
O doutorado aprofunda os objetivos do mestrado acadêmico pela produção de um trabalho que deve representar uma contribuição real, original e criativa na área investigada e que demonstre qualificação para formar outros mestres e doutores.
Os cursos de mestrado e doutorado contam com bolsas institucionais e de agências de fomento à pesquisa. Os programas foram aprovados e recomendados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes).